Les sites sécurisés (c'est-à-dire, ceux dont l'URL commence par https) sont souvent des sites d'organismes financiers. Vous pouvez autoriser sans risque les fenêtre popup.

Ouvrez regedit, l'éditeur de la Base de registres.
Sélectionnez la clé HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\New Windows.
Dans le volet droit, double-cliquez sur la valeur AllowHTTPS et attribuez-lui la valeur 1.
La modification sera appliquée au prochain démarrage de Windows.